Il n'est pas réellement obligé d'en tenir compte. Si on accepte le fait que le futur aura changé après cette aventure, beaucoup de choses dites ou non dans le film seront changées elles aussi, ce qui implique que le futur traité dans la première trilogie peut être très différent.
En gros, par exemple, si le futur n'avait pas été changé, Jean Grey aurait pu subir d'autres "aventures" et le Phoenix aurait pu être mieux géré, ce qui aurait conduit à d'énormes différences pour le 3ème film de la trilogie.