Si les scénaristes de Warner ne sont pas bêtes, ils peuvent réutiliser les dégâts de Métropolis pour justifier l'intervention d'un Lex Luthor bienfaiteur qui investirait beaucoup (et même illégalement) dans la reconstruction de la ville (peut-être un partenariat avec Wayne Enterprises en guise de clin d'oeil). Lex est accueilli en héros ; une sorte rivalité s'installe avec Superman dont l'image navigue entre l'espoir pour la majorité des humains et l'inquiétude pour d'autres. Lex a un complexe de supériorité qui est fondé sur sa très grande intelligence et voit en Superman un rival avec lequel se mesurer. Au cours des travaux de reconstruction que Luthor a décidé d'entreprendre voilà des mois maintenant, des éclats de minerai sont découverts dans la zone de Métropolis qui fut sujette à la terraformation... La Kryptonite. Des expériences sont menées pour comprendre sa composition et sa venue sur Terre : en fait, ces minuscules fragments étaient sur la coque du vaisseau de Zod (proche de Krypton au moment de son explosion) qui, en pénétrant dans l'atmosphère terrestre, se sont détachés et sont tombés à plusieurs endroits sur Terre, dont Métropolis notamment à cause du processus de terraformation qui a provoqué l'expulsion des minerais de la coque.
Les relations entre Loïs et Clark sont drôles sur leur lieu de travail, car elle connaît sa véritable identité, mais ne peut évidemment pas l'ébruiter. Elles sont aussi mêlées à de la gêne car ils ont interrompu leur relation : Clark est régulièrement occupé à venir en aide aux gens autour du globe, et Loïs en a eu marre de ses incessant va-et-vient. Elle fréquente Luthor depuis peu. Pourtant, ils tiennent profondément l'un à l'autre, mais ne se le montrent pas vraiment non plus. L'éducation que Loïs a reçue de son père militaire, le Général Sam Lane (son père), la rend pudique sur ses sentiments ; Clark, quant à lui, est aussi sur la réserve : son père adoptif l'a élevé dans le culte du secret pour cacher ses pouvoirs, et il n'a jamais eu l'habitude d'extérioriser ses sentiments. Il a dû mal à voir Loïs avec Luthor, alors qu'en plus, il nourrit des soupçons sur ce dernier qui pourrait être lié à la pègre de Métropolis menée par Morgan Edge. Ils se sont d’ailleurs disputés quelques fois sur le sujet.
Pendant ce temps, les militaires US veulent récupérer les fragments de Kryptonite, car certains soldats n'ont pas confiance en Superman, dont le Général Sam Lane (Il a une relation conflictuelle avec sa fille depuis la mort de sa mère lorsqu'elle était enfant : le père a souvent été dur, un peu en retrait aussi, et Loïs lui reproche de ne pas avoir été un bon père depuis que sa mère est morte. Il apprécie Clark, mais se méfie grandement de Superman, et ne comprend pas pourquoi sa fille s’est séparée de lui pour se mettre avec Luthor) et le Sergent John Corben (patriote, vétéran de la guerre d'Irak qui l'a marqué à vie avec des états de services remarquables, très populaire, un peu xénophobe d'où sa méfiance vis-à-vis de Superman, il a une femme et une fille auxquelles il tient plus que tout). Ces deux militaires sont très méfiants vis-à-vis de l'Homme d'Acier. Sur ordre du gouvernement américain, ils se rendent dans les laboratoires de Luthor pour voir ses expériences sur la kryptonite : ce minerai exceptionnel a des propriétés splendides qui pourraient répondre aux nombreux besoins énergétiques de la Terre. Luthor, partageant les inquiétudes des deux militaires à propos de l’Homme d’Acier, en profite pour mettre au point des appareils technologiques de pointe, basés sur la Kryptonite, pour accélérer la reconstruction de Métropolis et donner à la ville une quantité d’énergie incroyable (faisant passer les centrales nucléaires pour des antiquités) ; une fois préparés, les appareils sont présentés au public lors d’une conférence de presse, sous les yeux de Superman, invité par Luthor qui veut en profiter pour savoir si ce minerai a un quelconque effet sur lui. Il constate que oui.
Plus tard, un scientifique travaillant pour LexCorp est retrouvé mort. Tué d'une balle entre les deux yeux. La police est sur les lieux et Clark, accompagné de Loïs, arrivent sur les lieux ; ils se disputent juste avant à cause des soupçons que nourrit Clark à son sujet, et cela depuis la première interview que Luthor leur avait accordé et au cours de laquelle Loïs est tombée sous son charme. Discrètement, Kal-El utilise sa super-vision pour passer les lieux au peigne fin. Il comprend que la balle a été tirée depuis un toit d'immeuble situé à plus de trois kilomètres de là. Un rapide coup d'œil sur la balle lui permet de savoir qu'elle est signée... DEADSHOT ! Loïs et Clark font des recherches sur lui et découvrent que c'est un assassin international qui offre ses services aux plus offrant. Pour le retrouver, ne pouvant pas agir en tant que journaliste à cause de la confidentialité des dossiers sur Lawton, Superman s'infiltre dans les bases de données gouvernementales et tente de prendre des infos sur son mystérieux tueur. Mais, cela ne passe pas inaperçu : le gouvernement a vent de son intrusion dans des dossiers fédéraux sensibles, et cela finit par remonter aux oreilles du Général Lane et du Sergent Corben qui en font part à la presse, l'accusant d'espionnage. L’opinion publique se divise sur Superman : peut-on vraiment faire confiance à un être aussi puissant que lui ? Pour quel gouvernement travaille-t-il ? Loïs le soutient, et se brouille publiquement (mais aussi en privé) avec son père à cause de ça (tous les deux vident leur sac) ; elle trouve un soutien amical auprès de Perry White qui a, lui aussi, des soucis avec un confrère dicteur d’une chaîne de télé et de radio : Morgan Edge qui crache beaucoup sur l’Homme d’Acier. Superman s’explique sur ce qu’il a cherché à faire, mais la société reste sceptique, notamment à cause des derniers scandales de ce genre qui ont éclaboussé l’Amérique et le monde ces dernières années (scandales financiers, politiques, etc).
Vu le scandale causé par cette affaire d’espionnage, le Général Lane, Luthor et le Sergent Corben mettent au point des armes spéciales pour neutraliser Superman si celui-ci venait un jour à se retourner contre les humains. Lex va même jusqu’à obtenir leur accord pour faire des expérimentations dans la robotique, mais aussi sur les animaux et certains prisonniers de Guatanamo pour tester les facultés de la kryptonite.
La seule solution pour Superman est de retrouver Deadshot (alias Floyd Lawton). Il se sert des infos qu’il avait trouvées dans les bases de données : un rendez-vous avec un membre de la pègre de Métropolis, mais rien. Le rendez-vous est une fausse piste que Lawton a l’habitude de semer derrière lui pour ne pas être pris. En écoutant toutes les voix des humains, Clark entend une voix l’appeler distinctement qui l’exhorte de le rejoindre à Métropolis, sur le toit d’un immeuble. Il s’agit de Deadshot lui-même, mais c’est un piège en réalité. L’assassin a programmé une arme imitant les rayons laser de Superman, pointée sur le maire de la ville et ses adjoints. L’arme s’enclenche. Le maire meurt et plusieurs de ses collaborateurs aussi, dont la femme du Sergent Corben ! Le tueur s’échappe en jetant à Clark un gaz de kryptonite ; pris par l’effet de surprise, cela le rend inconscient. Les agents de sécurité se rendent sur le toit d’où a été tiré le coup de feu, et découvrent un Superman inconscient (Deadshot ayant filé avec son arme).
Loïs arrive sur les lieux et, voyant l’Homme d’Acier inconscient et prenant connaissance de ce dont on l’accuse, ne peut rien faire pour lui. Toutefois, convaincue de l’innocence de Clark, elle décide de prendre les choses en main et de suivre la trace de Deadshot grâce à l’aide d’un ami à elle, un hacker qui bosse à la C.I.A. Elle passe un moment avec Lex.
Toujours anesthésié par le gaz de kryptonite, l’Homme d’Acier est conduit par des soldats vers une prison spéciale conçue en secret par Luthor et les deux autres militaires, au cas où un cas comme celui-ci se présenterait. Mais, avant qu’ils n’y parviennent, il s’échappe et volent jusqu’au Pôle Nord, trouver un peu de répit dans sa Forteresse de Solitude (construite par ses soins quelques mois plus tôt grâce aux connaissances contenues dans l’ordinateur du vaisseau éclaireur) et trouver une réponse à sa principale question (pourquoi ai-je subi les dommages d’un simple gaz de la part de Deadshot ?). Clark obtient ses réponses en faisant analyser un peu de son sang par l’ordinateur de la Forteresse (le même que celui du vaisseau éclaireur) et lui explique que le gaz renfermait de la kryptonite, un minerai qui se trouvait jadis sur Krypton. Il fait le lien entre ce gaz et les appareils de Luthor fonctionnant à la kryptonite, mais il n’a pas de preuves pour appuyer sa certitude. C’est alors que Superman se souvient d’un détail infime : avant qu’il arrive sur le toit, face à Lawton, il avait vu dans la poche intérieure de celui-ci son téléphone portable vibrer, mais sans aucun nom apparaissant : il transfère les souvenirs de cet instant dans l’ordinateur de la Forteresse et lui demande de recomposer les fréquences de cet appel pour en localiser la provenance. Il s’avère que celui-ci ait été passé depuis un studio de télévision, dont Morgan Edge en est le directeur !
Loïs, avec l’aide de son ami hacker, parvient à remonter la trace de Lawton et découvre qu’il est en lien avec Morgan Edge. Elle décide de se rendre au studio de télé que celui-ci dirige pour trouver des preuves.
Pendant ce temps, le Sergent Corben pleure la mort de sa femme, et aussi de sa fille tuée de la même façon que le maire de Métropolis et ses autres collaborateurs. Ivre de rage envers Superman, il s’en va à la rencontre de Lex Luthor et l’exhorte de tester la kryptonite sur lui alors que les expériences, bien qu’il y ait eu des succès, ne sont qu’à leurs balbutiements. Mais, le Sergent finit par convaincre Luthor et le Général Lane qui savent qu’ils n’ont pas d’autres choix pour arrêter Superman ; de plus, l’opinion publique mondiale est très inquiète depuis les meurtres commis par Superman. Le début de l’opération se passe bien pour le Sergent, mais des complications apparaissent et son corps se désintègre progressivement ; n’ayant plus d’autres choix, Luthor, avec l’accord de Lane très indécis sur le moment, dote Corben d’un endosquelette ultra-performant, fruit d’une nanotechnologie très poussée, dont l’énergie principale est la kryptonite concentrée en lui. Au réveil, Corben est horrifié par ce qu’on lui a fait, il saccage tout le labo, en veut à Lane et à Luthor, mais son seul objectif pour d’obtenir sa vengeance envers Superman. C’est ainsi que Corben devient Metallo.
Loïs trouve des preuves dans le studio, mais se fait piéger par Lawton après un jeu sadique de chat et de la souris.
Superman s’envole rapidement à la rencontre de Morgan Edge et le pousse à un interrogatoire forcé, mais Edge sait qu’il ne le tuera pas car ce n’est pas dans sa nature. Clark essaie de le faire douter en lui rappelant ce qui s’est passé avec Zod des mois plus tôt. Edge finit par avouer qu’il a passé un marché avec Luthor : aider Luthor à devenir maire de Metropolis, pour ensuite le lancer dans la course aux présidentielles américaines, en échange de quoi Luthor laisserait Edge gérer ses affaires et même les faire prospérer ; et une fois Lex devenu Président, il confierait le contrôle de Metropolis à Edge. Clark lui demande pourquoi avoir recruté Deadshot : Edge explique l’avoir mis en relation avec Lex car c’est à cause du scientifique (celui retrouvé mort) qui était sur le point de révéler les projets de Luthor avec la kryptonite. Certes, Luthor veut effectivement rebâtir Metropolis, mais c’est aussi pour mieux la reconstruire à son image et écarter tous ses concurrents commerciaux directs, dont Wayne Enterprises et Queen Industries. Ce contrôle économique de la ville, avec sa renommée acquise due au développement technologique fondé sur la kryptonite, lui permettrait d’asseoir sa réputation de bienfaiteur et d’être élu maire très rapidement. Cependant, pour asseoir complètement son autorité, Edge explique à l’Homme d’Acier que Lex devait l’écarter, l’attaquer dans un premier temps là où son invincibilité était inopérante en cas de manigance : sa popularité. Un Superman impopulaire est un Superman rejeté, et devient donc dangereux aux yeux de la masse. Le scientifique assassiné savait que Luthor prévoyait de construire des armes, et de convaincre l’armée représentée par le Général Lane et un vétéran populaire comme le Sergent Corben d’aller dans son sens ; le scientifique voulait dénoncer ça à la presse, mais il n’en a jamais eu le temps… Ensuite, Deadshot s’arrangeait pour que Superman remonte jusqu’à lui, que l’Homme d’Acier se fasse repérer en train de fouiller les dossiers fédéraux sur Lawton, afin d’insinuer le doute dans l’opinion publique. Ce doute s’est transformé en peur dans la société lorsque le maire de Metropolis et ses collaborateurs ont été assassinés par ses soins, accusant à tort l’Homme d’Acier ; Luthor a auparavant confié à Deadshot un gaz de kryptonite pour neutraliser Superman sur le toit de l’immeuble, juste avant l’assassinat du maire. Mais, il s’est échappé et cela n’était pas prévu... Luthor ne s’est pas arrêté là. Il prévoyait depuis le début de faire des expériences sur l’homme avec la kryptonite, dans le but de tuer Superman, une fois que sa popularité atteinte : faire mourir un Superman très populaire, c’est l’ériger en martyr donc il fallait passer par cette étape du meurtre de l’Homme d’Acier. Connaissant l’hostilité de Corben pour Superman, son passé militaire et son profil psychologique, Luthor, via Lawton, a donc manigancé l’assassinat du maire de Metropolis, non pas uniquement pour l’accuser de meurtre à tort, mais aussi pour tuer la femme de Corben, et ensuite sa fille, donnant ainsi une raison à Corben de se venger en essayant la kryptonite sur lui. Luthor veut donc se servir de Corben pour tuer Superman.
Suite à ces révélations, le téléphone de Edge vibre et celui-ci tend le combiné à Superman. C’est Deadshot qui tient Loïs en otage (celle-ci fouinait dans l’immeuble du studio appartenant à Edge), des explosifs accrochés à ses chevilles, menaçant tous les occupants de l’immeuble. Il met Superman au défi : sauver Loïs avant qu’il ne fasse exploser les bombes dans deux minutes et le retrouver. Superman sauve Loïs, jette les bombe dans le ciel et sauve tout le monde, mais Deadshot s’est enfui. Soudain, Metallo repère la présence de Superman dans le coin et apparaît devant lui pour l’affronter. Superman a juste le temps de remettre un enregistrement (via un appareil kryptonien) contenant tous les aveux de Edge que Clark a pu prendre à son insu, ce à quoi Loïs lui répond qu’elle est quand même meilleure journaliste que lui et prend quand même les enregistrements.
L’Homme d’Acier affronte Metallo dans un combat titanesque ; Superman essaie de lui faire entendre raison, sur les manigances de Luthor et tout le reste, mais n’y parvient pas car l’autre est trop aveuglé par la haine et le chagrin. Loïs aperçoit son père arriver des avions chars d’assaut et un soutien aérien pour frapper Metallo et Superman. Metallo s’en prend au Général Lane, mais Superman s’interpose, l’exhortant de se mettre à l’abri ; faible, Clark ne peut tenir longtemps et ne peut empêcher Metallo de s’en prendre à Lane. Metallo tue le Général. Loïs, en larme, se précipite auprès de lui et entend son père lui dire qu’il l’aime avant de rendre son dernier souffle. Metallo, talonné par Superman qui cherche à le retenir par tous les moyens, n’en a pas encore fini et se dirige vers les appareils que Luthor avait mis au point pour la reconstruction de Metropolis et son indépendance énergétique, avec l’intention de tout faire sauter : cela aurait pour conséquence une radiation complète de la ville à la kryptonite (Superman et beaucoup de gens risquent de mourir). Mais, Luthor attend les deux protagonistes près des appareils car il avait encore une fois tout manigancé : Metallo le voit et fonce vers lui pour le tuer avant de s’en prendre à nouveau à Superman, mais Lex appuie sur une télécommande qui agit sur le cerveau de Metallo, le privant du contrôle de ses mouvements. Depuis le début du combat, Superman n’est pas à l’aise à cause de la kryptonite : il a des hallucinations de son père adoptif et de ses parents biologiques… Il est troublé, croit avoir des apparitions, alors qu’il se tord de douleur par terre. Lex est sur le point de gagner, mais Loïs les rejoint avec une arme dans les mains et la pointe sur son petit ami. Luthor lui avoue avoir menti et manipulé : il est sorti avec elle car elle est, avec son ami Clark, une source proche de Superman, ce qui lui permettait de se tenir informé de ses faits et gestes. Lex la neutralise grâce à un Metallo manipulé qui cherche à reprendre le dessus sur le contrôle mental qu’il subit, Superman ne peut pas agir à cause des radiations de kryptonites aux alentours (des appareils, de Metallo et celle que Lex a sur lui) et risque de mourir si l’exposition à celles-ci dure trop longtemps. Lex prend Loïs dans ses bras et la neutralise ; il ordonne à Metallo d’achever Superman avec un rayon de kryptonite en plein cœur. Mais, dans un élan de survie, Superman répond et balance des rayons rouges de ses yeux qui percutent le rayon vert de Metallo ; ce dernier est propulsé contre les appareils qui sont sur le point d’exploser. Superman a l’intention de les envoyer dans l’espace pour éviter la catastrophe, mais Luthor le fait chanter : s’il fait ça, il tue Loïs. Superman lui répond que tout le monde va mourir s’il ne fait rien, mais Lex lui révèle que c’est lui seul le héros dont Metropolis ait besoin et qu’il a encore une autre carte dans sa manche : il appuie sur un autre bouton de sa télécommande et une armure anti-Superman atterrit derrière lui, il s’y réfugie et met Lois en joug. Clark fonce sur Lex, et les deux se battent dans les airs ; dans les appareils, Metallo absorbe une partie de l’énergie de kryptonite avec son cœur spécial dans le but de renvoyer les rayons contenus en lui sur Lex et Superman. Les deux sont touchés ; épuisé, Metallo tombe, ses réserves étant épuisées. Superman s’effondre, Lex aussi mais se relève avec son armure pour constater l’échec de son plan. Il s’enfuit, laissant la ville au bord du danger ! Loïs rejoint Superman, lui dit qu’elle aime alors qu’il est inconscient… Clark se réveille et comprend que Superman n’a pas fini sa tâche encore. Il soulève les appareils et les amène dans le ciel, explosant loin au-dessus de Metropolis. La ville est sauvée, Superman est sauf.
Deux jours plus tard.
Loïs et Clark se retrouvent tous les deux devant la tombe du Général Lane enterré avec les honneurs. Superman est officiellement innocenté, les preuves étant accablantes à la charge de Luthor (qui est devenu un fugitif), de Lawton (coincé récemment par un mystérieux justicier), et de Morgan Edge. Clark raccompagne Loïs chez elle, se réconcilie avec et se remettent ensemble (elle est cette fois consciente que Clark a des responsabilités et qu’il doit véritablement porter le monde sur ses épaules… Mais, il n’est pas obligé d’être seul pour le faire). Kal-El rentre chez lui, dans son appartement de Metropolis, et trouve un mot sur sa table avec un objet métallique en forme de chauve-souris… Le mot, avec un signe de chauve-souris tout en bas, dit ceci : « Vous avez sauvé Metropolis. J’ai coincé Lawton à Gotham… Vous n’êtes plus seul. ».
bon, c'est juste une idée de la suite comme une autre donc c'est pas parfait :)