Si dans les trois derniers films « Men in Black », les méchants étaient des extra-terrestres inspirés respectivement d'insectes, de plantes et d'arthropodes, « Men in Black: International » reposera sur une nouvelle formule. En effet, le méchant se trouve au sein de l’agence elle-même dans ce nouveau volet.
Au cours d’une nouvelle interview avec EW, le producteur Walter F. Parkes a déclaré que l’agent M de Tessa Thompson et l’agent H de Chris Hemsworth se rencontraient au moment même où le MiB réalisait qu’il avait été trahi de l'intérieur par l'un des siens à la suite de la mort d'un puissant gouvernement extraterrestre: « Je pense que la plus grande différence [dans cette histoire] est que cette fois-ci, l'ennemi est à l'intérieur. MiB a été compromis de l'intérieur, ce qui les amène dans une aventure planétaire à la découverte de la vraie nature de la menace. "
Thompson ajoute que « Men in Black: International » rappellera le premier film et ses idées progressistes sur le monde réel: “Je veux dire, le début du premier film parle d'immigration, et Will [Smith] fait des blagues brûlantes sur les races…. Je pense que vous avez de la chance de faire passer un message dans ce genre de divertissement, et de faire un film qui ait du cœur et de la satire et qui reflète nos vies. Je pense que cela est possible, sans faire un sermon. "
